Stały się przedmiotem dyskusji prowadzonych w ramach Międzyorganizacyjnej Komisji powołanej przez Radę Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa oraz w ramach Komisji Oceny Projektów Inwestycyjnych przy warszawskiej ODBOR. Koszt budowy upamiętnienia oszacowano wstępnie na 15 mln złotych.
Realizacja projektu znacznie przeciągnęła się w czasie. Było to spowodowane przede wszystkim brakiem odpowiednich funduszy. Występowały także inne problemy. Budowa pomnika-mauzoleum wymagała wywłaszczenia obszaru o łącznej powierzchni 127 hektarów, znajdującego się w posiadaniu 192 właścicieli. Zgłaszane były zastrzeżenia co do szczegółowych założeń projektowych, zwłaszcza w odniesieniu do planowanej formy upamiętnienia byłego obozu pracy, postępowania z zachowanymi elementami obozowej infrastruktury, czy kwestii imiennego upamiętnienia znanych ofiar Treblinki. Zdaniem Katarzyny Radeckiej przyczyną zwłoki mogły być również narastające po odwilży październikowej nastroje antysemickie. Nie bez trudności przebiegały prace porządkowe w Treblince, gdyż robotnicy, a nawet wyznaczeni do pilnowania terenu milicjanci, współpracowali z „hienami” rozkopującymi teren poobozowy.