Podstawy dzisiejszego ogrodu botanicznego położył Antal Pénzes. 1 stycznia 1952 r. stację przejęła Węgierska Akademia Nauk i utworzyła Botaniczny Instytut Badawczy WAN. Zasadniczym zadaniem ogrodu botanicznego miała być hodowla roślin, jak w planowanym, ale nigdy nie utworzonym Centralnym Ogrodzie Botanicznym w dzielnicy Budapesztu Hűvösvölgy. W 1954 r. na jego kierownika powołano akademika Bálinta Zólyomiego, a prowadzenie ogrodu powierzono jego zastępcy Miklósowi Ujvárosiemu.
Posługując się planami, pochodzącymi z poprzedniego wieku, zrekonstruowano pierwotną sieć dróg, wycięto niepożądane drzewa i krzewy i na dużą skalę rozpoczęto nowe nasadzenia dla odnowienia niszczejących przez dziesięciolecia roślin.
Wykorzystując rośliny ze zlikwidowanego Ogrodu Agrobotanicznego w Debreczynie (Debrecen-Pallagi Agrobotanikus Kert) w latach 1953–1954 na 1,5 ha niszczejącego sadu stworzono systematyczny zbiór roślin, w którym Rezső Soó przedstawił historię filogenezy roślin kwiatowych.
W 1954 r. rozpoczęto rozmnażanie drzew i krzewów z nasion uzyskanych dzięki wymianie międzynarodowej. Rozwijający się ogród botaniczny był wspomagany nasionami i sadzonkami przez różne węgierskie ośrodki partnerskie, arboreta i szkółki leśne.