Septymiusz zostaje doradcą Cezara, a kiedy Kleopatra zasiada na tronie Egiptu, zrywa więzi z Bayekiem i Ayą. Medżaj odkrywa, że Cezar i Kleopatra sprzymierzyli się z Zakonem, postanawia więc zebrać sojuszników, żeby stworzyć bractwo, które stawi im opór i będzie działało w służbie zwykłych ludzi. Wraz z Ayą uświadamiają sobie, że Zakon jest zainteresowany grobowcem Aleksandra Wielkiego. Po dotarciu do niego znajdują śmiertelnie rannego Apollodorosa, od którego dowiadują się, że przywódcą zakonu jest podkomendny Cezara, Flawiusz. Z pomocą Septymiusza udało mu się odzyskać z grobowca artefakty, które chce wykorzystać do otwarcia krypty pod SiwąIbid., zadanie: „Krajobraz po bitwie”..
Bayek tropi Flawiusza do Cyreny, której mieszkańcy zostali zniewoleni przez Rajskie Jabłko. Zabija go i wraca do Ayi, która werbuje dla ich sprawy Marka Janiusza Brutusa Młodszego oraz Gajusza Kasjusza Longinusa i wyrusza z nimi do Rzymu w celu zamordowania Cezara i Septymiusza. Drogi Bayeka i Ayi rozchodzą się, jednak przed rozstaniem zakładają Ukrytych, poprzedzającą asasynów organizację, której członkowie przysięgają chronić świat przed cieniami. W Rzymie Aya zabija Septymiusza, dzierżącego Berło Edenu, a następnie przedostaje się do senatu i zabija Cezara.