Zagospodarowanie Pasłęka jest żeglowna od ujścia w Nowej Pasłęce do Braniewa poniżej elektrowni. Na rzece zbudowano pięć elektrowni wodnych: Elektrownia Braniewo moc 0,815 MVA Elektrownia Pierzchały moc 3,3 MVA, największa na Pasłęce, zbudowana w latach 1913–1916, razem z elektrownią powstał zbiornik zaporowy o powierzchni 240 ha zwany Jeziorem Pierzchalskim lub Zbiornikiem Pierzchalskim Stygajny Kormoran w Łęguckim Młynie MEW Kasztanowo moc zainstalowana 0,09 MW, po całkowitym zniszczeniu odbudowana i uruchomiona w 1989 r.
W systemie administrowania wodami dorzecze Pasłęki zaliczane jest do obszaru dorzecza WisłyPlan gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły. Załącznik do rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 18 października 2016 r. (poz. 1911)..
Dopływy Rzeki: Stara Pasłęka, Wałsza p., Giłwa, Jemiołówka, Marąg, Miłakówka.
Strugi: Bardynka, Biebrza, Drwęca Warmińska p., Lipówka, Łaźnica p., Młynówka, Młyńska Struga
Kanały: Kanał Rusy, Kanał Skolity, Kanał Energetyczny, Czerwony Rów
Pasłęka przepływa przez jeziora: Miodówko, Wymój, Sarąg, Łęguty, Isąg, Jezioro Pierzchalskie.