Filantropia Gates skupił się wyłącznie na filantropii po 1912 roku. Przekonał Rockefellera do zmiany sposobu w jaki podejmował swoje działania charytatywne. Zaproponował, aby zamiast rozdawać pojedyncze sumy pieniędzy konkretnym beneficjentom stworzyć hurtowy proces tworzenia dobrze finansowanych fundacji, prowadzonych przez ekspertów, którzy decydowali by, jakie tematy reform warto podejmować. Gates nadzorował dystrybucję około 500 milionów dolarów. Mimo że, Rockefeller wierzył w skuteczność ludowej medycyny, to jednak liczył się ze zdaniem swoich ekspertów i Gatesowi udało się przekonać go, że może on mieć wielki wpływ na modernizację medycyny zwłaszcza poprzez reformę edukacji, sponsorowanie badań nad nowymi lekami, oraz systematyczne zwalczanie chorób, które osłabiały wydajność narodu takie jak chociażby wywoływane przez tęgoryjca dwunastnicy. W 1901 roku Gates stworzył Instytut Badań Medycznych Rockefellera (obecnie Rockefeller University), w którym był prezesem rady nadzorczej. Następnie zaprojektował Fundację Rockefellera, zostając członkiem zarządu po jej utworzeniu w 1913 roku. Gates pełnił funkcję prezesa zarządu Komisji Edukacji Powszechnej, która stała się przodującą fundacją w dziedzinie edukacji. Jednakże w 1912 roku John D. Rockefeller Jr.