Uczestniczył w opracowaniu funduszu Rockefellera na rzecz utworzenia baptystycznego University of Chicago, w którym później przez wiele lat pełnił funkcję członka zarządu uczelni.
Standard Oil Gates stał się potem najważniejszym doradcą Rockefellera w zakresie biznesu i filantropii pracując w nowo powstałym biurze rodziny, w siedzibie Standard Oil zlokalizowanym na ulicy Broadway pod numerem 26, gdzie nadzorował inwestycje w inne firmy niż Standard Oil Trust.
Od roku 1892 i w dalszych latach, w obliczu rozwijających się jak nigdy inwestycji i zakupów nieruchomości, Rockefeller odczuł potrzebę zorganizowania profesjonalnego doradztwa dla swojego biznesu, w związku z tym utworzył czteroosobowy komitet, w którego skład wszedł później także jego syn John D. Rockefeller Jr. oraz nominował Gatesa prezesem komitetu i starszym doradcą. W tym składzie Gates przekazywał fundusze Rockefellera na rzecz syndykatów zorganizowanymi przez dom inwestycyjny Kuhn, Loeb & Co. oraz w mniejszym stopniu do tych związanych z domem inwestycyjnym J.P. Morgana.