W kwietniu 1964 roku jednostka (wraz z bliźniaczymi trałowcami „Tur” i „Łoś”) została przeniesiona do Świnoujścia, włączona do utworzonej (rozkazem Dowódcy Marynarki Wojennej nr 055/Org. z 20 sierpnia 1964 roku) Grupy Trałowców Bazowych. Po reorganizacji floty przeprowadzonej w czerwcu 1965 roku okręt przyporządkowany został do 12. Dywizjonu Trałowców Bazowych 8. Flotylli Obrony Wybrzeża, nadal operując ze Świnoujścia. W grudniu tego roku jednostka wzięła udział w akcji ratowniczej okrętu podwodnego ORP „Sęp”, na którym doszło do wybuchu w przedziale akumulatorów i pożaru (po ugaszeniu ognia okręt podwodny został przeholowany do bazy w Świnoujściu). Prócz prac trałowych okręt wykorzystywano też do pełnienia służby dozorowej, m.in. rejonu Cieśnin Duńskich, a także wspólnych ćwiczeń z jednostkami 2. Brygady Okrętów Desantowych. Od kwietnia do czerwca 1967 roku „Żubr” z „Łosiem” i kutrami trałowymi wzięły udział w trałowaniu Zatoki Pomorskiej, bazując w tym czasie na Rugii. W 1969 roku jednostka (wraz z bliźniaczymi trałowcami bazującymi w Świnoujściu) wzięła udział w ćwiczeniach Układu Warszawskiego „Odra – Nysa 69”, a na początku czerwca 1970 roku uczestniczyła w próbie generalnej do morskiej parady z okazji 25-lecia Marynarki Wojennej PRL.