Kariera trenerska Ferner karierę rozpoczął jako trener zespołu Rot-Weiss Essen z Bundesligi. Zadebiutował w niej 28 września 1973 w wygranym 3:1 pojedynku z Werderem Brema. Rot-Weiss Essen prowadził przez dwa sezony, a w kolejnym trenował Wuppertaler SV z 2. Bundesligi. W 1976 roku objął stanowisko szkoleniowca klubu innego zespołu tej ligi – FC St. Pauli. W sezonie 1976/1977 awansował z nim do Bundesligi. W następnym sezonie wraz z zespołem zajął ostatnie, 18. miejsce w lidze i spadł z nim do 2. Bundesligi, a następnie odszedł z klubu.
W kolejnych sezonach Ferner trenował drużyny 2. Bundesligi – Rot-Weiss Essen, Hannover 96 oraz FC Schalke 04, gdzie pracował od 1983 roku. W sezonie 1983/1984 wraz z zespołem awansował do Bundesligi i prowadził go tam przez dwa sezony. W sezonie 1986/1987 był szkoleniowcem greckiego Iraklisu Saloniki. Następnie wrócił do Niemiec, gdzie ponownie prowadził zespoły 2. Bundesligi – Alemannię Aachen oraz FC Schalke 04.
W latach 1990–1995 Ferner pracował jako trener Apollonu Limassol, z którym zdobył dwa mistrzostwa Cypru (1991, 1994) oraz Puchar Cypru (1992).