Są w tym celu wykorzystywane w uprawach roślin rolniczych, warzyw, roślin ozdobnych, roślin sadowniczych i w przechowalnictwie. Wykazują dużą agresywność wobec patologicznych grzybów.
Zdolności Trichoderma do zwalczania innych organizmów opierają się na: intensywnym wytwarzaniu enzymów litycznych, co daje im zdolność do pasożytowania na innych grzybach. Szczepy Trichoderma wytwarzają m.in. chitynazy, glukanazy oraz proteazy antybiozie względem grzybów patogennych konkurencji z organizmami patogennymi o składniki pokarmowe i przestrzeń do rozwoju zdolności do zmiany warunków środowiska. Potrafią np. zakwaszać środowisko, co stwarza niedogodne warunki dla rozwoju patogennych grzybów, ponadto umożliwia korzystanie ze składników pokarmowych wcześniej niedostępnych w środowisku upraw rolnych grzyby Trichoderma rozwijają się gwałtownie, ponieważ są naturalnie odporne na wiele toksycznych związków jak herbicydy, fungicydy oraz inne pestycydy i fenole. Po dodaniu do gleby subletalnych dawek tych związków odradzają się bardzo szybko. Zawdzięczają to prawdopodobnie obecności w komórkach transportera ABC, który jest odpowiedzialny za usuwanie toksyn z komórek.