Na początku 1975 roku rozpoczęto przygotowania do pierwszych wyborów. W sierpniu tego samego roku UDT przeprowadziła zamach stanu. Motywy dla takiego ruchu nie są do końca znane, z jednej strony następowało stopniowe osłabienie pozycji UDT, z drugiej zaś ugrupowanie znalazło się pod wpływem indonezyjskiego reżimu gen. Suharto, prowadzącego w tym czasie antykomunistyczną krucjatę, który próbował przekonać polityków UDT o „zagrożeniu” jakim jest lewicujący FRETILINH. Kreiger, East Timor and the International Community, Cambridge University Press 2011, s. 135.. W odpowiedzi, FRETILIN rozpoczął działania zbrojne i w szybkim czasie przejął kontrolę nad byłą portugalską kolonią. Dnia 28 listopada 1975 roku, FRETILIN proklamował niepodległość Demokratycznej Republiki Timoru.
7 grudnia armia indonezyjska rozpoczęła operację Komodo, przeprowadzając inwazję wojskową na Timor Wschodni. Inwazja została uznana przez część państw zachodnich (między innymi przez Stany Zjednoczone i Australię), przy jednoczesnym sprzeciwie ONZ. Pomimo iż indonezyjskie siły zbrojne nie były dobrze przygotowane do przeprowadzenia takiej interwencji, w ciągu pół roku armia zdołała zająć większość terytorium Timoru Wschodniego. Dnia 14 czerwca 1976 roku, Timor Wschodni oficjalnie stał się 27 prowincją Republiki Indonezji.