W wyniku tego 2 stycznia 2003 GPK SG w Piwnicznej-Zdroju przejęła wraz z obsadą etatową pod ochronę odcinek graniczny, po rozformowanej strażnicy SG w Piwnicznej-ZdrojuZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 13 grudnia 2002 zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk.
Jako Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Piwnicznej-Zdroju funkcjonowała do 23 sierpnia 2005 i 24 sierpnia 2005, Ustawą z 22 kwietnia 2005 O zmianie ustawy o Straży Granicznej....W miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej.