Jako kapelan rezerwy został powołany do służby czynnej, a 18 lutego 1939 przemianowany na kapelana służby stałej ze starszeństwem z 1 sierpnia 1935 i 1. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymsko-katolickiego. Na stopień starszego kapelana został awansowany ze starszeństwem z 19 marca 1939 i 8. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymsko-katolickiego. Służył w Komendzie Miasta Wilno. 24 sierpnia 1939 objął obowiązki szefa służby duszpasterskiej w Kwaterze Głównej 1 Dywizji Piechoty Legionów. Na tym stanowisku wziął udział w kampanii wrześniowej.
W połowie września 1939, odłączony od jednostki kierował się w stronę wschodnią, znalazł się w rejonie Lwowa. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został wzięty do niewoli przez Sowietów koło Buska. Wraz z innymi jeńcami był przetrzymywany kolejno w zamku w Złoczowie, w Podwołoczyska, w Szepietówce, skąd trafił do obozu jenieckiego w Starobielsku. W czasie świąt Bożego Narodzenia 1939 wraz z innymi duchownymi został wywieziony z tego obozu, po czym był osadzony przez ok. sześć miesięcy na Łubiance w Moskwie (w tym czasie na wiosnę 1940 oficerowie polscy, przetrzymywani w obozie starobielskim i innych, byli mordowani w ramach zbrodni katyńskiej).