W 1999 roku kościół otrzymał nowe witraże w miejsce zniszczonych w 1945 roku.
Architektura Budynek murowany z kamienia i cegły, gotycki, trójnawowy, orientowany. Prezbiterium trójbocznie zamknięte, węższe od nawy głównej, nakryte sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Wieża gotycka nad zachodnim przęsłem nawy północnej, najwyższa kondygnacja wieży neogotycka z połowy XIX wieku. Wejście do prezbiterium jest dekorowane ostrołukowym gotyckim portalem z renesansowym kartuszem z herbem Odrowąż i datą 1563 roku.Wejście do nawy od południa dekorowane jest gotyckim portalem z kwiatonami.
Obok kościoła grobowiec księżnej Apolonii Poniatowskiej, właścicielki dóbr zatorskich w XVIII/XIX w. W krypcie pod kościołem spoczywają kolatorzy zatorskiej świątyni m.in. Anna Potocka (1779–1867) i jej mąż gen. Stanisław Dunin Wąsowicz, adiutant Napoleona I oraz Maurycy Eustachy Potocki i Ludwika Potocka.