Trzeci minialbum Monsta X, zatytułowany The Clan pt. 1 Lost, został wydany 18 maja z główny singlem „All In” (kor. 걸어 (All in)). Teledysk do „All In” wyreżyserował filmowiec Shin Dong-keul, który znany jest ze swojego marzycielskiego stylu i wcześniej zdobył nagrody na Canada International Film Festival. Album zadebiutował na piątym miejscu listy Billboard World Albums i pozostał na niej przez dwa kolejne tygodnie. 9 maja grupa wydała jeden z utworów z płyty, „Ex Girl”, z gościnnym udziałem Wheein z Mamamoo. Album był początkiem dużego projektu o nazwie „THE CLAN”, składającego się z dwóch i pół części.
Pierwsze dwa solowe koncerty grupy MONSTA X The First Live "X-Clan Origins" odbyły się 16 i 17 lipca; bilety zostały wyprzedane w pięć minut. W sierpniu 2016 roku Monsta X razem z Cosmic Girls z tej samej wytwórni, stworzyli grupę projektową, która promowała usługi telefoniczne KT Corporation i wydawali singel „Do Better”. Monsta X powrócili na początku października z czwartym minialbumem będącym drugą częścią serii „THE CLAN”, zatytułowanym The Clan pt. 2 Guilty. Płyta została wydana 4 października wraz z głównym singlem „Fighter” i towarzyszącym mu teledyskiem. W grudniu grupa otrzymała nagrodę "Best of Next Male Artist Award" podczas Mnet Asian Music Awards 2016.