W 1997 roku Köstner objął stanowisko szkoleniowca klubu 1. FC Köln z Bundesligi. Jako trener zadebiutował w niej 4 października 1997 w wygranym 2:1 spotkaniu z Hansą Rostock. W sezonie 1997/1998 wraz z zespołem zajął 17. miejsce w Bundeslidze i spadł z nim do 2. Bundesligi. Wówczas odszedł z klubu.
W 1998 roku wrócił Köstner wrócił do SpVgg Unterhaching, nadal występującego w 2. Bundeslidze. W sezonie 1999/2000 wywalczył z nim awans do Bundesligi. Szkoleniowcem Unterhaching był do września 2001. W kolejnych latach trenował Karlsruher SC (2. Bundesliga), TSG 1899 Hoffenheim (Regionalliga), Rot-Weiss Essen (2. Bundesliga), rezerwy VfL Wolfsburg (Regionalliga), a także dwukrotnie pierwszą drużynę Wolfsburga (Bundesliga), gdzie był trenerem tymczasowym.
W 2014 roku Köstner prowadził z kolei Fortunę Düsseldorf z 2. Bundesligi.
Bibliografia Profil na Fussballdaten
Profil na Worldfootball
Kategoria:Niemieccy piłkarze Kategoria:Niemieccy trenerzy piłkarscy Kategoria:Piłkarze Borussii Mönchengladbach Kategoria:Piłkarze KFC Uerdingen 05 Kategoria:Piłkarze Arminii Bielefeld Kategoria:Trenerzy