1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwa i GPK Kraków-Balice weszła w podporządkowanie dowódcy 3. Karpackiej Brygady WOP, w Nowym Sączu, następnie od 1976 Karpackiej Brygady WOP i w jej strukturach funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: 15 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 Graniczna Placówka Kontrolna w Krakowie-Balicach weszła w podporządkowanie Karpackiego Oddziału Straży Granicznej w Nowym Sączu i przyjęła nazwę Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Krakowie-Balicach.
Jako Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Krakowie-Balicach funkcjonowała do 23 sierpnia 2005 i 24 sierpnia 2005 Ustawą z 22 kwietnia 2005 O zmianie ustawy o Straży Granicznej...W miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej. Funkcjonariusze i pracownicy pełniący służbę i zatrudnieni w strażnicach oraz granicznych placówkach kontrolnych Straży Granicznej stali się odpowiednio funkcjonariuszami i pracownikami placówek Straży Granicznej ().