Odprawę graniczną osób, towarów i statków powietrznych do 15 maja 1991 wykonywały Wojska Ochrony Pogranicza, a od 16 maja 1991 organa Straży Granicznej. Początkowo wykonywała to Graniczna Placówka Kontrolna Gdańsk-Rębiechowo, od 16 maja 1991 Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Gdańsku-Rębiechowie, od 24 sierpnia 2005 Placówka Straży Granicznej w Gdańsku-Rębiechowie, a od 1 marca 2015 Placówka Straży Granicznej w Gdańsku. Natomiast kontrolę celną wykonują organa Służby Celnej, tj. Oddział Celny Port Lotniczy Gdańsk-Rębiechowo.
W przejściu granicznym Gdańsk-Rębiechowo mogą być wprowadzane na terytorium Wspólnoty Europejskiej środki spożywcze oraz materiały lub wyroby przeznaczone do kontaktu z żywnością podlegające granicznej kontroli sanitarnej.