Nawet jednak jeśli tak było, to po zdobyciu miasta Szibani zignorował swoje zobowiązania i potraktował je jako swoją osobistą zdobycz. Jeszcze w tym samym roku Szibani zdobył też Bucharę. Timuryda Babur (1494 - 1530) odbił Samarkandę i zajmował ją zimą 1500/1501 roku, jednak na wiosnę 1501 roku Szibani pokonał go w bitwie pod Sar-i Pul nieopodal miasta i ponownie je zdobył po długim oblężeniu. Te sukcesy spowodowały, że na stronę Szibaniego zaczęło przechodzić wiele plemion służących poprzednio Timurydom albo Czagataidom, co dało mu środki na prowadzenie kampanii nieustannych podbojów przez następną dekadę; .
W roku 1502 Szibani przeprowadził udaną wyprawę do Kotliny Fergańskiej i zajął Taszkent. W następnym roku powrócił do Kotliny i pokonał w walnej bitwie połączone siły swojego dawnego mocodawcy Sultana Mahmuda i jego brata Sultana Ahmada (1487 - 1504) oraz zajął ją ostatecznie. W roku 1505 po dziesięciomiesięcznym oblężeniu zdobył Urgencz, a następnie Balch, zagrażając tym samym także reszcie posiadłości Husajna Bajkary. Stary władca znajdował się w konflikcie zarówno ze swoimi buntowniczymi emirami, jak i synami, pomimo to zmobilizował przeciwko Szibaniemu armię i zamierzał wyruszyć w pole. Okazało się jednak że nie jest już zdolny do prowadzenia wojska i zmarł w 1506 roku.