Jak wszystkie angielskie biblioteki, także Biblioteka Uniwersytetu w Cambridge uległa zaniedbaniu i poniosła duże straty w okresie reformacji: katalog z 1557 zawiera mniej niż 200 pozycji. Księgi i rękopisy nie tyle padały ofiarą rabunku lub celowego niszczenia, co były zaniedbywane jako nieprzystające treścią do nowych czasów. Część zbiorów biblioteki przetrwała dzięki ich przejmowaniu przez osoby prywatne, czasem z bezpośrednią intencją ich ocalenia przed zagładą. Przykładem mogą być działania Andrew Perne’a – rektora kolegium Peterhouse i wicekanclerza uniwersytetu, który przechowywał zabrane z biblioteki rękopisy przez ponad 30 lat, zanim je zwrócił. W 1574 pozyskał on dla biblioteki czterech patronów: arcybiskupa Canterbury Matthew Parkera, strażnika wielkiej pieczęci Nicholasa Bacona, biskupa Winchesteru Roberta Horne’a oraz biskupa Durham Jamesa Pilkingtona, którzy zakupili dla biblioteki dużą kolekcję najnowszych dzieł naukowych wydanych przez wiodące ówczesne europejskie domy wydawniczeOates: Horne – 50 tomów pism Ojców Kościoła, Pilkington – 25 tomów dzieł historycznych, Bacon – 94 dzieła z dziedziny filozofii, gramatyki, retoryki, astronomii, geografii, matematyki i muzyki, Parker – 75 dzieł teologii protestanckiej i 25 cennych rękopisów..