15 maja inny kandydat konserwatywny, Mohammad Bagher Ghalibaf, wycofał się z wyborów, deklarując poparcie dla Ra’isiego, którego popularność znacząco wzrosła w poprzednich tygodniach. Kandydatura Ra’isiego cieszyła się poparciem Korpusu Strażników Rewolucji Islamskiej oraz podległego mu Związku Mobilizacji Uciemiężonych, a prawdopodobnie sprzyjał jej także Najwyższy Przywódca Ali Chamenei.
Ostatecznie Ra’isi zajął w wyborach drugie miejsce, uzyskując poparcie 15,8 mln Irańczyków i przegrywając z urzędującym prezydentem Hasanem Rouhanim, którego poparło ponad 23 mln wyborców, tj. 57% uprawnionych do głosowania.
Dalsza kariera polityczna Po przegranych wyborach pozostał czynnym politykiem, regularnie występując z krytyką polityki Hasana Rouhaniego, domagając się konserwatywnego kursu w polityce wewnętrznej i bardziej konfrontacyjnego w polityce zagranicznej. Był wymieniany jako możliwy kandydat na kolejnego Najwyższego Przywódcę Iranu po śmierci Alego Chameneiego.
W 2019 roku otrzymał nominację na Głównego Sędziego Iranu – zwierzchnika całego krajowego wymiaru sprawiedliwości.