Po bezpotomnej śmierci Albrechta majątek przejął jego bratanek, arcyksiążę Karol Stefan Habsburg.
W 1919 r., po zakończeniu I wojny światowej, dobra żywieckie Habsburgów zostały objęte pod Przymusowy Zarząd Państwowy, a folwarkowi groziła parcelacja. Po pięciu latach, na mocy specjalnego porozumienia z Rządem RP, Karol Stefan Habsburg – wówczas już jako obywatel Rzeczypospolitej – odzyskał swoje majątki. W tym samym roku aktem darowizny K.S. Habsburg ofiarował 10 500 ha ze swych włości na rzecz Polskiej Akademii Umiejętności – wśród nich był folwark lipowski o powierzchni 512,21 ha roli i 0,23 ha stawów.
W okresie międzywojennym folwark należał do przodujących gospodarstw rolnych w Polsce, uzyskując ze stosunkowo słabych gleb wysokie plony zbóż i roślin okopowych. Troskliwie nawożone użytki zielone pozwalały na wyżywienie ponad 100 krów, 24-40 par koni, ponad 100 owiec matek i uzyskanego od tych zwierząt przychówku. Szczególny nacisk kładziono na produkcję mleczną: konsekwentna hodowla pozwoliła na początku lat 30. XX w. uzyskiwać rocznie średnio 3829 l mleka od krowy. Głównymi odbiorcami tutejszego mleka były sanatoria w Bystrej i Wilkowicach. W drugiej połowie lat 30. na lipowskim folwarku założono jedne z pierwszych w Polsce poletek doświadczalnych, na których badano skuteczność zabiegów agrotechnicznych (m.in. nawożenia).