Kariera W 1950 Utzon założył własne biuro architektoniczne w Kopenhadze i stał się znany głównie dzięki architekturze mieszkaniowej. Na jego projekty zwrócono uwagę dzięki swobodnemu i płynnemu, a zarazem przemyślanemu funkcjonalnie rozplanowaniu jednoprzestrzennych wnętrz. Krytycy doceniali też poetyckie traktowanie formy architektonicznej. W 1957 wygrał konkurs na operę w Sydney, lecz ze względu na przekroczenie kosztów odebrano mu prawo nadzoru nad inwestycją. Dopiero znacznie później, gdy opera stała się jednym z symboli Australii, doceniono Utzona, nadając mu m.in. w 1985 Order of Australia i w 2003 doktorat honoris causa Uniwersytetu w Sydney.
W latach 60. Utzon pracował nad projektami urbanistycznymi, osiedlami mieszkaniowymi oraz wziął udział w wielu konkursach na prestiżowe obiekty użyteczności publicznej.
Jørn Utzon po przejściu na emeryturę mieszkał na Majorce.
Odznaczenia Medal Księcia Eugeniusza (1973) Honorowy Towarzysz (ang. Honorary Companion) Orderu Australii (1985)