Po powrocie z zagranicy został powołany na prefekta lwowskiego seminarium duchownego, a po kilku następnych latach na kanclerza lwowskiej kurii metropolitalnej. Po siedmiu latach posługi kanclerskiej został mianowany w 1902 proboszczem w Tarnopolu, a potem dziekanem i kanonikiem. Na początku 1909 został mianowany przez papieża prałatem domowym. Z parafią w Tarnopolu był związany do 1918, to dzięki niemu w mieście powstał monumentalny kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy, który pierwotnie miał stanąć na miejscu kościoła św. Elżbiety we Lwowie. Nie dotrwał on do naszych czasów, został wysadzony w powietrze w 1954, w okresie Ukrainy radzieckiej.
Bolesław Twardowski był encyklopedystą oraz edytorem Encyklopedii zbioru wiadomości z wszystkich gałęzi wiedzy – polskiej encyklopedii wydanej w latach 1898–1907 przez społeczną organizację edukacyjną Macierz Polska, która działała w Galicji w okresie zaboru austriackiego. Opisał w niej zagadnienia z zakresu historia Kościoła oraz religii.