Od zwycięstwa komunistów w chińskiej wojnie domowej w 1949 prefektura apostolska, podobnie jak cały prześladowany Kościół katolicki w Chinach, nie może normalnie działać. Prefekt apostolski bp Blasius Kurz OFM wyjechał w 1949 do Rzymu. Nie dane mu było powrócić do Chinsemperfidelisetparatus. W 1958 Patriotyczne Stowarzyszenie Katolików Chińskich mianowało ks. Louisa Li Zhenlina swoim ordynariuszem w Yongzhou, mimo iż legalny prefekt apostolski nie zrzekł się tego urzędu. Li Zhenlin przyjął sakrę bez zgody papieża zaciągając na siebie ekskomunikę latae sententiaekan. 1382. Podjęcie współpracy z komunistami nie uchroniło go przed śmiercią w czasie rewolucji kulturalnej. PSKCh nigdy nie mianowało jego następcy, a w 1999 zlikwidowało prefekturę. Zostało to dokonane bez mandatu Stolicy Świętej, więc z kościelnego punktu widzenia działania te były nielegalne.
Brak jest informacji o jakimkolwiek prefekcie apostolskim z Kościoła podziemnego.