W czasie kampanii wrześniowej 14 września 1939, opuścił Lublin razem ze sztabem gen. bryg. Mieczysława Smorawińskiego i wraz z nim sześć dni później – po agresji ZSRR na Polskę – został wzięty do niewoli sowieckiej we Włodzimierzu Wołyńskim. Od kwietnia 1940 przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku. Między 7 a 9 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 017/3 z kwietnia 1940, pozycja 69 (teczka personalna nr 4360). Między 9 a 11 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji nadzorowanych przez Niemców pod numerem 3467 – dosł. określony jako Polczynski Stanislaw (raport dzienny z 28 maja 1943). W kieszeniach jego munduru znaleziono legitymację MSWojsk. oraz legitymację i Krzyż Virtuti Militari. Spoczął prawdopodobnie w mogile bratniej czwartej.