Między 16 a 19 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji nadzorowanych przez Niemców pod numerem 3263 – dosłownie opisany jako Polakowski Wladyslaw (raport dzienny z 26 maja 1943). Przy jego szczątkach znaleziono: pismo Komendy Garnizonowej w Krasnymstawie, kartę pocztową, list pisany w Kozielsku, list, fotografię, krzyż Virtuti Militari oraz medalik. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 03263.
Władysław Polakowski był żonaty z Mieczysławą z domu Dąbrowską, miał synów Witolda (ur. 1928) i Zbigniewa (ur. 1930).