Po zwycięskiej egzekucji dóbr problemem stało się rozszerzenie unii polsko-litewskiej. Zygmunt II August popierał ścisłą unię pomiędzy oboma krajami i zmierzał do silniejszego ich zespolenia. Szlachta litewska uważała za ideał stan prawny polskiej szlachty i chciała się z nią zrównać, przeciwna unii była litewska magnateria. Scalenie Polski i Litwy poprzedził szereg reform na Litwie: dokonanie pomiaru gruntów, ujednolicenie pozycji chłopów, utworzenie sejmików powiatowych, jednolite sądownictwo dla całej szlachty (dotychczas magnateria podlegała jedynie sądownictwu wielkoksiążęcemu), utworzono urząd kasztelana w każdym województwie, dodano funkcję podkanclerzego. Chcąc przełamać opór szlachty, król w 1564 roku przelał swoje dziedziczne prawa na Litwie na Koronę, a w 1569 roku przyłączył do Korony Wołyń, Podlasie i Ukrainę (województwo bracławskie i kijowskie). W końcu 1 lipca 1569 roku ogłoszona została unia lubelska. Korona Polska i Wielkie Księstwo Litewskie stawały się jednym państwem o strukturze federacyjnej (z oddzielnym wojskiem, skarbem, urzędami centralnymi, a jednym sejmem i królem).