Tak czy inaczej odkrycie Pakicetus uczyniło hipotezę wywodzącą walenie od mezonychów bardziej prawdopodobną. Jego uzębienie przypominało zęby mezonychów. Jednego z Pakicetidae, Ichthyolestes, uważano nawet niegdyś za mezonycha.
thumb|Genetyka wykazała, że najbliższymi współczesnymi krewnymi waleni są hipopotamowate, jak widoczny wyżej hipopotam nilowy Z drugiej strony rosła ilość danych wskazujących na związki waleni i parzystokopytnych. O ich bliskim pokrewieństwie świadczyły dane paleontologiczne, morfologiczne, embriologiczne i molekularne. Przykładowo wymieniano choćby mechanizm erekcji prącia, 3 oskrzela główne, ułożenie kości śródstopia. Rewolucję wywołały jednak badania z zakresu genetyki. Graur I Higgins opisali w 1994 badania opierające się o 5 sekwencji mtDNA i 11 sekwencji DNA jądrowego, kodującego białka. Wyniki wskazały na znacznie bliższą relację waleni i parzystokopytnych, niż to podejrzewano wcześniej. Okazało się, że walenie wykazują znacznie więcej podobieństw w stosunku do bydła domowego, niż do świni czy wielbłąda, ale – co więcej – że bydło domowe jest bliżej spokrewnione z waleniem niż ze świnią czy wielbłądem. W tym samym roku Irwin i Árnason opublikowali swoje badania cytochromu b. Doszli dzięki nim do podobnych wniosków, wskazali też hipopotamowate jako najbliższych krewnych waleni.