Instrumenty naukowe sondy Cele misji zostaną zrealizowane przy użyciu 29 czujników dostarczających danych do 9 instrumentów na pokładzie sondy. 8 z tych instrumentów składa się na ładunek naukowy, natomiast kamera JunoCam traktowana jest jako dodatkowy instrument przeznaczony dla celów edukacji i oświaty publicznej.
InstrumentIlustracjaOpis instrumentu Wykonawca i kierownik instrumentu Gravity Science – eksperyment pomiarów pola grawitacyjnegocenter|100px System telekomunikacyjny sondy: transpondery sondy w paśmie Ka i paśmie X. Systemy odbiorcze sieci Deep Space Network na Ziemi. Wykonawcy: Agenzia Spaziale Italiana (translator pasma Ka); NASA Jet Propulsion Laboratory w Pasadenie (transponder pasma X) Kierownik: William Folkner z NASA Jet Propulsion Laboratory Magnetometer (MAG) – magnetometrcenter|100px Dwa trójosiowe magnetometry transduktorowe na szczycie skrzydła paneli słonecznych, w odległości 10 i 12 m od centrum sondy. Advanced Stellar Compass (ASC) – szukacze gwiazd (4 kamery CCD) dostarczające dokładnych danych o orientacji sondy w przestrzeni. Wykonawcy: NASA Goddard Space Flight Center w Greenbelt, Maryland (magnetometry);