W rzeczywistości poprawne zastosowanie SJM różnicuje homonimy – np. kłaść się i kłaść coś, kopać w ziemi i kopać nogą.
Poważną trudnością w stosowaniu SJM jest fakt, iż większość elementów pozamanualnych znaków PJM (np. mimika w PJM) zostało sprowadzonych do roli prozodii, podczas gdy w PJM pełnią one determinującą rolę słownikową. Inną trudność stanowi fakt, że działająca przy PZG komisja unifikacyjna przyjęła zasadę ujednolicania słownika SJM, zamiast opisywania znaków stosowanych regionalnie. Gdy istniały różnice regionalne lub stylistyczne w słownictwie PJM, do słownika SJM wybrano jeden z serii synonimów. Nie wyklucza to jednak możliwości stosowania znaków o charakterze regionalnym i wielu doświadczonych użytkowników SJM tak postępuje.
SJM zawiera pewne znaki nieobecne w PJM jako samodzielne leksemy (np. przyimki). Dużo znaków wygląda też inaczej niż w PJM. Początkowo było to 20%, jednak różnica ta stale rośnie ponieważ PJM jest językiem żywym i ewoluuje, a SJM nie. Najbardziej rozpowszechniona jest uproszczona wersja SJM, w której pomija się palcowanie końcówek fleksyjnych. Jej wykorzystanie polega więc na nadawaniu znaków ze słownika PJM w szyku polszczyzny dźwiękowej.