W 1866 sprzedał swoje przedsiębiorstwa założone w Monroeville i przeniósł się na Milllionaires Row (obecnie Euclid Avenue) w Cleveland. Tam utworzył The Euclid Avenue National Bank oraz był prezesem Belt Mining Company.
Harkness zainwestował wraz z Henrym Flaglerem i Johnem D. Rockefellerem w spółkę Rockefeller, Andrews & Flagler, poprzedniczkę firmy Standard Oil. Harkness został drugim pod względem wielkości udziałowcem firmy, a sukces firmy uczynił go niezwykle bogatym. Pomimo że uczestniczył w spółce na zasadzie cichego partnerstwa, był członkiem Rady Dyrektorów Standard Oil aż do swojej śmierci w 1888.
Stephen Harkness brał udział w rozwoju Cleveland. Współpracował z Charlesem F. Brushem i Rockefellerem w celu wybudowania Cleveland Arcade, jednej z pierwszych galerii handlowych w Stanach Zjednoczonych, wzorującej się na Galerii Wiktora Emanuela II w Mediolanie.
Życie prywatne W 1842 ożenił się z Laurą Osbourne. Mieli troje dzieci: Isabellę Harkness (1845–1845) Davida Harknessa (1848–1848) Lamona Vanderburgha Harknessa (1850–1915).
Laura zmarła 24 sierpnia 1852 i została pochowana w Bellevue w stanie Ohio. Dwa lata później Stephen poślubił Annę M. Richardson. Mieli troje dzieci: Charlesa Williama Harknessa (1860–1916) Florence Harkness (1864–1895) Edwarda Stephena Harknessa (1874–1940).