18 listopada 2009 podpisał kontrakt z zespołem Silkeborg IF ważny do 2012, jednak już na początku stycznia 2010 związał się umową – do końca sezonu 2009/2010 – z Odrą Wodzisław. Świetne występy w Odrze nie pozwoliły jednak utrzymać się jej w Ekstraklasie. Wobec spadku drużyny z Wodzisławia Śląskiego do I ligi 20 maja 2010 roku podpisał dwuletni kontrakt z Polonią Warszawa.
18 lipca 2010 roku u Onyszki wykryto niewydolność nerki, która wyeliminowała go z rozgrywek sezonu 2010/11.
Arkadiusz Onyszko z powodów zdrowotnych nie rozegrał ani jednego meczu w Polonii. Tym samym ostatnim meczem Onyszki w ekstraklasie było spotkanie Wisły Kraków z Odrą Wodzisław, spotkanie to było również ostatnim meczem Odry w Ekstraklasie występującej w niej nieprzerwanie przez 14 lat. Od początku kariery rozegrał 114 meczów w ekstraklasie.
1 grudnia 2011 roku na posiedzeniu Izby ds. Rozwiązywania Sporów Sportowych, które odbyło się, na wniosek klubu Polonia Warszawa rozwiązano umowę między Arkadiuszem Onyszko i KSP Polonia Warszawa. Powodem rozwiązania kontraktu był zły stan zdrowia uniemożliwiający grę przez okres dłuższy niż 6 miesięcy stwierdzony zaświadczeniem lekarskim.