Kapilara, którą dostarczana jest próbka, jest termostatowana, dzięki czemu możliwa jest analiza szerokiego zakresu lotnych związków organicznych. W komorze reakcyjnej panuje ściśle określone obniżone ciśnienie. Kontrola parametrów ciśnienia i liczby wytwarzanych jonów hydroniowych umożliwia wykonywanie pomiarów ilościowych w czasie rzeczywistym. thumb|Budowa kwadrupola analizator – w którym wcześniej powstałe jony są rozdzielane na podstawie stosunku ich masy do ładunku. Pierwotnie w technice PTR stosowano analizator kwadrupolowy, działający jako filtr masy – w jednym momencie przepuszcza tylko jony o określonym stosunku masy do ładunku (m/z) dzięki działaniu na cząsteczki prądu zmiennego o określonej częstotliwości i napięciu oraz napięcia stałego. thumb|Zwierciadło elektrostatyczne – schemat odbicia jonów o różnej energii Nowszym rozwiązaniem jest, cechujący się większą rozdzielczością analizator czasu przelotu (Time of Flight, TOF), który wykorzystywany jest w spektrometrach mas, wykorzystujących reakcje przeniesienia protonu. Strumień jonów, opuszczający komorę reakcyjną przyspieszany jest wskutek wywołania impulsu elektrycznego wywoływanego w komorze przelotu jonów.