W 1925 roku dekretem arcybiskupa gnieźnieńskiego Edmunda Dalbora erygowano parafię w Sipiorach oraz powołano komitet budowy kościoła. Początkowo planowano adaptację jednego z domów mieszkalnych na cele sakralne, jednak z uwagi na wysokie koszty pomysł ten zarzucono.Ostateczną lokalizację świątyni wyznaczyła darowizna niemal 8 mórg ziemi przekazana przez mieszkańca Sipior, Wojciecha Wierzmana. Wybór miejsca został zaakceptowany przez ks. Opielińskiego m.in. ze względów finansowych, braku obciążeń prawnych gruntu i centralnego położenia terenu w granicach parafii. Budowę rozpoczęto po żniwach w 1932 roku. Prace prowadzono w trudnych warunkach terenowych, głównie siłami parafian oraz lokalnych przedsiębiorstw. Bryłę kościoła ukończono na początku 1933 roku, a pierwszą mszę świętą odprawiono 4 czerwca tego samego roku. Konsekracji świątyni 6 września 1934 roku dokonał prymas Polski August Hlond. Kościół otrzymał wezwanie św. Jana Nepomucena. Tego samego dnia poświęcono trzy dzwony: Antoniego (150 kg), Józefa (100 kg) oraz Jana Nepomucena (45 kg), odlane w ludwisarni Antoniego Białkowskiego w Poznaniu.Koszt budowy wyniósł 128 tys. złotych, z czego większość – 115 tys. zł – pokrył ks. Jan Nepomucen Opieliński. Pozostałe środki pochodziły od parafii, biskupa Antoniego Laubitza oraz starosty szubińskiego.