Przypuszcza się, że pewne części uzbrojenia zostały zabrane i wywiezione statkami do Francji podczas okupacji Malty przez Francuzów w latach 1798–1800, jako część „zorganizowanego rabunku dzieł sztuki i skarbów historycznych”, przeprowadzonego przez Napoleona. We wczesnych latach XIX wieku zbrojownia została zmodyfikowana przez Brytyjczyków, którzy dodali podpory w formie kolumn z motywami egipskimi. W roku 1855 zostały one usunięte i powróciły do Anglii.
thumb|left|Zbrojownia Pałacowa w latach 1880.
W drugiej połowie lat 50. XIX wieku zbrojownia została odnowiona pod osobistym kierownictwem gubernatora i w roku 1860 otwarto ją dla publiczności jako muzeum. Około roku 1900 zbiory muzeum zostały skatalogowane przez Guy Francisa Lakinga, który wydał książkę zatytułowaną The Armoury of The Knights of St. John of Jerusalem.
W czasie II wojny światowej, 7 kwietnia 1942 roku, sala mieszcząca kolekcję została uszkodzona podczas bombardowania lotniczego. Po tym zdarzeniu postanowiono zabezpieczyć zbiory i przeniesiono je do piwnic Pałacu Wielkiego Mistrza oraz do Girgenti Palace. Po wojnie uszkodzenia sali zostały naprawione, a zbrojownię ponownie otwarto w roku 1948.