Na tej samej uczelni habilitował się i objął stanowisko profesora.

Pomysłodawca i dyrektor artystyczny międzynarodowych festiwali promujących muzykę polską – Muzyka na szczytach w Zakopanem (2009-2010) i Muzyczne przestrzenie w Wielkopolsce (od 2011). Od 2018 Wawrowski gra na pierwszym od II wojny światowej w Polsce stradivariusie zakupionym dla niego przez anonimowego polskiego mecenasa.

Odznaczenia i nagrody Odznaka honorowa „Zasłużony dla Kultury Polskiej” (2018), Brązowy Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2020), Doroczna Nagroda Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w kategorii Muzyka (2023).

Wydawnictwa płytowe W 2007, nakładem wytwórni CD Accord ukazała się płyta Wawrowskiego – Niccolò Paganini – 24 Kaprysy op.1, która została ponownie wydana w 2016 nakładem Warner Music. Obecnie Janusz Wawrowski współpracuje z wytwórnią fonograficzną Warner Music Group w ramach wieloletniego kontraktu artystycznego. Pierwszym efektem tej współpracy była nominowana do Fryderyka 2014, płyta Aurora z muzyką Karola Szymanowskiego, Witolda Lutosławskiego, Maurice’a Ravela i Eugène’a Ysaÿe’a.