Kampania wrześniowa W 1939 Kwarciany, już jako kapitan, prowadził szkolenia oddziałów Obrony Narodowej. Podczas wojny obronnej we wrześniu 1939 pełnił funkcję dowódcy kompanii jednego z batalionów Obrony Narodowej (ON) w rejonie Kępna i Baranowa. Brał także udział w walkach o Warszawę. Po kapitulacji stolicy i zajęciu jej przez Niemców powrócił do rodzinnego Goleszowa w przebraniu cywilnym (aby uniknąć represji ze strony wroga). Tam, już od listopada 1939, zajął się działalnością konspiracyjną.
Działalność konspiracyjna W czasie kampanii wrześniowej nawiązał kontakt z kapitanem Józefem Rządzkim ps. „Boryna” w Rzędzianowicach koło Mielca. Pod jego wpływem, w listopadzie 1939 włączył się w działalność konspiracyjną, wstępując do Związku Walki Zbrojnej, organizacji, która przekształciła się później w Armię Krajową. Zaprzysiężenia Kwarcianego dokonał kpt. Rządzki („Boryna”). Władysław Kwarciany wciągnął do Związku Walki Zbrojnej m.in. kapitana Józefa Koguta „Kruszynę” oraz swojego bratanka Stanisława Kwarcianego „Borowika”, któremu powierzono funkcję łącznika. Po utworzeniu Komendy Obwodu ZWZ w Mielcu Kwarcianemu przydzielono zadanie zorganizowania placówek na obszarze południowo-wschodniej części powiatu mieleckiego (od Goleszowa do Wojsławia).