W 1758 został mianowany głównym lekarzem królewskiego szpitala morskiego w . W 1762 zaproponował metodę zaopatrywania statków w słodką wodę poprzez destylację wody morskiej. Rok później opublikował pracę poświęconą tyfusowi. W opublikowanym w 1768 Eseju o przypadkowych chorobach Europejczyków w gorących klimatach () opisał najczęstsze choroby tropików.
W 1783 odszedł ze szpitala a stanowisko głównego lekarza objął jego syn, John, wcześniej pracujący jako jego asystent.
Poglądy i znaczenie W przeciwieństwie do Jana Fryderyka Bachstroma, który w swej pracy Observationes circa scorbutum postulował 19 lat wcześniej, że szkorbut jest chorobą powodowaną przez niedobór świeżych warzyw i owoców w diecie, Lind uważał, że przyczyny szkorbutu są rozliczne (dieta, złe powietrze, brak ćwiczeń), a prowadzą do rozpadu gnilnego ciała.
W jego Traktacie o szkorbucie znajduje się 4-stronnicowy opis pierwszego eksperymentu medycznego przeprowadzonego w maju 1747 na pokładzie HMS Salisbury. Na jego potrzeby Lind wybrał 12 chorych na szkorbut marynarzy i podzielił na pary.