W ten sposób Sultan Muhammad uzyskał spokój ze strony Kara Kojunlu, tak potrzebny w sytuacji gdy wrogi synom Bajsunkura Uług Beg zajął Chorasan. Na początku 1449 roku Babur odbił Herat z rąk Uług Bega i ogłosił się sułtanem, przy czym chcąc zabezpieczyć się ze strony Sultana Muhammada uznał jego zwierzchność w kwietniu/maju tego samego roku. Niemniej Sultan Muhammad zmierzał do bezpośredniego zajęcia Heratu, do czego prawdopodobnie zachęcali go Ala ad-Daula i Gouharszad. Wyruszył on na północny wschód jesienią 1449 roku i kiedy Babur odrzucił jego wezwanie podporządkowania się pokonał go nieopodal Dżamu 30 października 1449 roku, po czym zajął Herat.
Podobnie jak Babur Sultan Muhammad obawiał się popularności Ala ad-Dauli w regionie i wysłał go jako swojego namiestnika do Kabulu. Tymczasem niekompetentne rządy głównego emira Sultana Muhammada, Hadżdżi Muhammada, sprawiły, iż niezadowolenie mieszkańców z nowych rządów zaczęło narastać. Na wiosnę 1450 roku Sultan Muhammad wyruszył przeciwkoBaburowi, który jednak pokonał jego straż przednią 16 maja 1450 roku, w bitwie w której zginął dowodzący nią Hadżdżi Muhammad. Kiedy Sultan Muhammad zaatakował go z resztą swojej armii Babur zarządził odwrót.