W 1997 roku uzyskał stopień doktora habilitowanego. Rozprawą habilitacyjną jest książka Istota procesów życiowych w świetle koncepcji elektromagnetycznej natury życia. W latach 1998–2000 był ponownie zatrudniony na stanowisku adiunkta, a w latach 2000–2013 – na stanowisku profesora nadzwyczajnego. W latach 2013–2015 ponownie pełnił obowiązki adiunkta.
Marian Wnuk uzyskał tytuł naukowy profesora 30 grudnia 2015 roku, a nominację odebrał 26 stycznia 2016 roku z rąk Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudy. Od 30 grudnia 2015 roku jest zatrudniony w KUL na stanowisku profesora nadzwyczajnego. Obecnie jest profesorem emerytowanym i pełni funkcję kierownika Katedry Filozofii Nauk Przyrodniczych.
Publikacje Wybrane publikacje Mariana Wnuka na podstawie katalogu Biblioteki Narodowej:
Książki: Geneza i rozwój idei elementarnej jednostki życia : W kierunku filozofii nanobiologii. Lublin: Wydawnictwo KUL, 2013. Istota procesów życiowych w świetle koncepcji elektromagnetycznej natury życia : Bioelektromagnetyczny model katalizy enzymatycznej wobec problematyki biosystemogenezy. Lublin: Redakcja Wydawnictw KUL, 1996. Rola układów porfirynowych w ewolucji życia. Warszawa: Akademia Teologii Katolickiej, 1987. (Z zagadnień filozofii przyrodoznawstwa i filozofii przyrody, M. Lubański, S. W.