Okres II wojny światowej We wrześniu 1939, tuż przed wkroczeniem hitlerowców do Łodzi, dyrektor Jan Marczyński ukrył sztandar szkoły oraz sztandar I Państwowego Liceum i Gimnazjum im. Mikołaja Kopernika w swojej rodzinnej wsi PrusinowiceGimnazjum i Liceum im. M. Kopernika w Łodzi 1906-1986. Wybór źródeł, Zebrał i opracował Henryk Władysław Skorek, Łódź 1987, nr 60, s. 137..
Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej na terenach Łodzi, szkoła została zamknięta. Rok później, dyrektor Jan Marczyński został aresztowany za prowadzenie tajnego nauczania i umieszczony początkowo w więzieniu na Radogoszczu skąd został przewieziony do obozu koncentracyjnego w Dachau, a następnie do Mauthausen-Gusen, gdzie zmarł w lutym 1941 roku.
Dzięki staraniom Kazimiery Marczyńskiej udało ocalić się szkolny sztandar (a także należący do gimnazjum im. Mikołaja Kopernika). Został on ukryty w majątku jej męża w Prusinowie. Po wojnie sztandar powrócił do szkoły.