Sobór został zniszczony podczas walk o Narwę w 1944. Po II wojnie światowej rozebrano również jego ruiny. Z wyposażenia budynku ocalał XVII-wieczny krucyfiks, który przeniesiono do soboru Zmartwychwstania Pańskiego w Narwie. Ten element wyposażenia świątyni został w niej zachowany w XVIII w. wbrew nakazowi Świętego Synodu i mimo faktu, że jego wygląd nie odpowiada prawosławnej tradycji. Według legendy podczas wynoszenia z obiektu dawnego wyposażenia sam Piotr Wielki nakazał pozostawienie krucyfiksu na swoim miejscu.
Architektura Obiekt sakralny wzniesiony został w stylu gotyckim i był trójnawową bazyliką ze sklepieniem krzyżowym, od strony południowej opierającą się na rzędzie przypór. Zbudowano go na planie kwadratu. Zmiany w jego architekturze i rozplanowaniu zaszły po zaadaptowaniu pierwotnego kościoła na cerkiew, co wiązało się ze wzniesieniem drugiego pomieszczenia ołtarzowego (poświęconego św. Mikołajowi). Inwestycję tę sfinansował kupiec Diemid Diemidow. We wnętrzu znalazł się wówczas barokowy dwurzędowy ikonostas oraz boczne ikony w kiotach ustawionych pod gotyckimi filaramimetr. Korneliusz i inni, Prawosławnyje..., s. 81..