25 maja „Circé” wraz z „Thétis” i okrętem-bazą okrętów podwodnych wyszły z Rosyth do Dundee, które osiągnęły bezpiecznie wieczorem (w morzu do mini-konwoju dołączyła jeszcze „Calypso”). 4 czerwca jednostka (wraz z innymi francuskimi okrętami podwodnymi) udała się w rejs powrotny do Francji. Po przybyciu do Brestu okręt był remontowany w tamtejszej stoczni. 18 czerwca, wobec zbliżania się wojsk niemieckich do portu w Breście, „Circé” ewakuowała się do Casablanki (razem z okrętami podwodnymi „Casabianca”, „Sfax”, „Poncelet”, „Persée”, „Ajax”, „Thétis”, „Calypso”, „Méduse”, „Sibylle”, „Amazone”, „Antiope”, „Orphée” i „Amphitrite”).
Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami „Circé” znalazł się pod kontrolą rządu Vichy. 2 listopada 1940 roku okręt opuścił Casablankę, osiągając Oran w dniu 5 listopada. Następnie jednostka została rozbrojona w Bizercie. Na przełomie 1941 i 1942 roku okręt został wycofany z czynnej służby. Po rozpoczęciu przez Niemcy okupacji terenów podległych rządowi Vichy, 8 grudnia 1942 roku okręt został przejęty przez Niemców w Bizercie i przekazany Włochom. Jednostka w Regia Marina otrzymała oznaczenie FR 117, lecz nigdy nie weszła do służby.