Dzielił się też racjami żywnościowymi ze słabszymi więźniami. W marcu 1942 rozpoczął pracę w grupie stolarzy. W 1943 zaprzyjaźnił się z Gustawem Morcinkiem. W marcu 1943 przejął po Janie Trzaskomie prowadzenie nielegalnego rejestru zgonów księży diecezji płockiej. W styczniu 1945 zgłosił się na ochotnika do szpitala obozowego, jako pomocnik podczas epidemii tyfusu. Szybko zaraził się tą chorobą i zmarłJacek Wilamowski, Kapłan, który zginął w Dachau, Wrocławski Tygodnik Katolików, nr 48/1981, s.7, ID 38156. W ostatnim liście do rodziny (styczeń 1945) pisał: jestem teraz tak bezradny, jak małe dzieckoGość Płocki, Święty przyjaciel Morcinka.

Upamiętnienie Osobę Stefana Zielonki upamiętnił Gustaw Morcinek w "Listach z mojego Rzymu". Biskup Franciszek Korszyński określił go jako wysoce uspołecznionego i wywierającego szczególnie dobry wpływ na brać obozową. Był wysuwany jako kandydat w procesie beatyfikacyjnym męczenników II wojny światowej, ale ostatecznie do jego beatyfikacji nie doszło.

W Bazylice w Pułtusku znajduje się tablica upamiętniająca ks. Stefana Zielonkę jako kapelana 13.