W portach zlokalizowane były podległe MUZ Portowe Urzędy Zdrowia, kierowane przez lekarzy portowych, których mianował minister zdrowia w porozumieniu z Ministerstwem Żeglugi i Handlu Zagranicznego na wniosek dyrektora Morskiego Urzędu Zdrowia.
Portowe Urzędy Zdrowia zlokalizowane były w Darłowie, Elblągu, Gdańsku, Gdyni, Helu, Kołobrzegu, Łebie, Szczecinie, Świnoujściu, Ustce oraz Władysławowie i każdemu z nich podlegały porty handlowe, przystanie lub porty rybackie, które położone były w bezpośredniej bliskości PUZ.
Zakres działania urzędu Do zakresu działania Morskiego Urzędu Zdrowia należały sprawy: wykonania obowiązków, wynikających z międzynarodowych konwencji sanitarnych, nadzoru sanitarnego nad morskimi portami handlowymi i rybackimi, nad przystaniami morskimi, nad morskimi statkami handlowymi i rybackimi, statkami żeglugi przybrzeżnej i portowej oraz statkami żeglugi śródlądowej, zawijającymi do morskich portów handlowych i rybackich oraz do przystani morskich, zatwierdzania lekarzy okrętowych i personelu pomocniczo-lekarskiego na statkach oraz nadzoru nad ich działalnością fachową, deratyzacji, dezynfekcji i dezynsekcji statków, terenów, budowli i urządzeń na obszarze portów i przystani, przeprowadzania badań lekarskich członków załóg morskich marynarki handlowej i robotników portowych, zapobiegania chorobom