Dokonano tego w tajemnicy przed władzami carskimi.
Podczas I wojny światowej w północno-wschodniej części cmentarza grzebano zmarłych i poległych żołnierzy armii austro-węgierskiej. W tym celu wydzielono część kwatery prawosławnej (ok. 30% jej pierwotnej powierzchni). Prawdopodobnie zbiorowa mogiła żołnierska została ekshumowana po wojnie, a szczątki przeniesiono na cmentarz wojenny urządzony przy nowym cmentarzu katolickim. Według niektórych świadków w czasach stalinizmu w kwaterze prawosławnej potajemnie grzebano zwłoki ofiar olkuskiego Urzędu Bezpieczeństwa.
W okresie Polski Ludowej cmentarz zaczął popadać w ruinę. Często odnotowywano akty wandalizmu. Zburzony został budynek grabarza-stróża, który przylegał do muru w południowo-zachodniej części cmentarza. Proces dewastacji został częściowo zatrzymany w 1962 roku. W związku ze zbliżającymi się obchodami 100. rocznicy bitwy pod Krzykawką, a w szczególności na wieść, że weźmie w nich udział oficjalna delegacja włoska, ówczesne władze miejskie odnowiły pomnik płk. Nullo, uporządkowały jego otoczenie, a także zezwoliły na oddolne inicjatywy mające na celu zabezpieczenie cmentarza. Od 1965 roku opiekę nad starym cmentarzem sprawowało Towarzystwo Przyjaciół Ziemi Olkuskiej.