Ostatnio prowadzone badania naukowe skupiają się na lipidomice i metabolomice.
Dorobek publikacyjny prof. Agaty Kot-Wasik obejmuje ponad 70 artykułów w czasopismach naukowych z bazy JCR, rozdziały w sześciu książkach, współautorstwo pięciu skryptów akademickich.
Recenzent w postępowaniach doktorskich (8) i habilitacyjnych (5), wniosków grantowych krajowych i manuskryptów publikacji w czasopismach z listy JCR. Kierownik 3 grantów KBN. Publikacje prof. A. Kot-Wasik uzyskały ponad 1500 niezależnych cytowań, indeks Hirscha wg Web of Science 21 (2016 r.).
Prof. A. Kot-Wasik wypromowała 2 doktorów, dwukrotnie była współpromotorem prac doktorskich, a obecnie jest opiekunem naukowym 3 następnych doktorantów. Ponadto była opiekunem ponad 175 prac dyplomowych magisterskich i inżynierskich oraz recenzentem prac dyplomowych ponad 70 razy. Była również promotorem prac dyplomowych studentów zagranicznych (dwóch z Portugalii w 2006 roku, jednej z Hiszpanii w 2008 roku, z Hiszpanii i Etiopii w 2012/2013).
W 1995 roku odbyła półroczny staż na Uniwersytecie w San Sebastian w Hiszpanii finansowany przez rząd baskijski, a w 1999 roku miesięczny staż na Uniwersytecie w Pau we Francji.