Spółka została sprywatyzowana ponownie w 1987 roku, ale właściciele postanowili zamknąć stocznię Neptune Yard w 1988 rokuRoyal Navy Ship may bring work for 100's Evening Chronicle, 30 sierpnia 2008. Kiedy w 1993 roku rząd brytyjski przyznał przedsiębiorstwu Kvaerner Govan kontrakt na budowę HMS Ocean, zarządca spółki podjął kroki do zamknięcia spółkiDuce, Richard (1993-05-12). "Barrow ship order dismays Tyneside". The Times (Times Newspapers).. Jednakże główna stocznia w Wallsend została wykupiona przez Jaapa Kroese, holenderskiego milionera. Następnie stocznia podjęła się kilku projektów remontowych i adaptacyjnych statków dla klientów sektora prywatnego.
W 2000 roku Swan Hunter otrzymał kontrakt na zaprojektowanie i budowę dwóch (pomocniczych) okrętów desantowych-doków (LSD, ang. Landing Ship Dock) dla Royal Fleet Auxiliary wraz z dwoma innymi statkami zbudowanymi przez BAE Systems Maritime – Naval Ships: koszt dwóch statków budowanych przez Swan Hunter wynosił 210 mln funtów, w tym 62 mln funtów na stoczniowe usługi serwisowe do 2004 rokuSwan Hunter wins ALSL order Jane's Defence Weekly, 22 grudnia 2000. Do lipca 2006 roku koszty wzrosły do 309 mln funtów, a tylko jeden statek został dostarczony.