Historia Klub założono w 1994 roku przy Pałacu Młodzieży w Bydgoszczy. Zrzeszał on dzieci i młodzież uprawiającą sporty wodne, korzystającą z przystani przy ul. Babia Wieś 5. Patronat nad klubem objął Klub Sportowy Łączność, którego stanica znajdowała się po sąsiedzku (Babia Wieś 3)Encyklopedia Bydgoszczy. t.1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , str. 255. UKS Kopernik szkolił młodzież, którą następnie przekazywano do KS Łączność. W obu klubach pracowali ci sami trenerzy: Wiesław Rakowski i Tomasz Wierzewski. Po upadku KS Łączność w 2006 roku, klub przejął jego sekcję kajakarską wraz z zawodnikami, kadrą i przystanią. Od tego czasu prowadzi szkolenie w różnych grupach wiekowych: od młodzików po seniorów. Zawodnicy klubu uczestniczą w imprezach sportowych najwyższej rangi. W latach 2006–2014 zdobyto 180 medali (76 16px, 53 16px, 51 16px) na imprezach od Igrzysk Olimpijskich po Mistrzostwa Polski Młodzików.