Jego rządy w diecezji przypadły na okres prześladowań antykatolickich, które rozpętali komuniści. W 1954 bp Matthias Duan Yinming został aresztowany i skazany za przestępstwa kontrrewolucyjne. Kolejne lata spędził w obozach pracy przymusowej na plantacji bawełny, w fabryce baterii i w innych przedsiębiorstwach państwowych (z krótką przerwą na przełomie 1966 i 1967 zakończoną torturami Czerwonej Gwardii i powrotem do obozu za odmowę zniszczenia figury Matki Bożej). Jednak jako jednemu z nielicznych biskupów wyświęconych przed prześladowaniami udało mu się przeżyć rewolucję kulturalną. Po odwilży, w 1979, władze umożliwiły mu powrót do posługi biskupiej. Był członkiem Patriotycznego Stowarzyszenia Katolików Chińskich, ale zachował wierność papieżowi. Należał do grona chińskich biskupów, którym papież udzielił specjalnych uprawnień umożliwiających wyświęcanie nowych biskupów bez wcześniejszej aprobaty Stolicy Apostolskiej, z których to skorzystał dziesięciokrotnie. W 1998 św. Jan Paweł II zaprosił go do udziału Synodzie Biskupów w Rzymie jednak władze pekińskie nie zgodziły się na wyjazd.